深圳检验检疫局内设下面内容职能处（室）:

一、办公室

负责协调机关日常职业和督查督办，组织重要会议，负责秘书、机要、保密、文印、档案、政务信息与宣传、外事接待等职业。

二、法制与综合业务处

负责有关检验检疫法制职业，承办行政复议、诉讼和司法调查及法制宣传教育，负责检验检疫业务综合协调和统计，负责口岸职业规划、准备及协调，负责涉外检验检疫、鉴定、认证及卫生除害处理机构的监督管理。

三、卫生检疫处

负责出入境卫生检疫、传染病监测和口岸卫生监督，收集国内外有关传染病疫情信息，负责传染病监测体检与预防接种的管理职业。

四、动物检验检疫处

负责出入境动物及其产品和其他应检物的检验检疫和监督管理，承办授权的进境动物检疫审批，收集动物疫情信息，承办出入境动物及其产品的卫生和检疫注册的考核与监督检查。

五、植物检验捡疫处

负责出入境植物及其产品和其他应检物的检验检疫和监督管理，承办授权的进境植物检疫审批，收集植物疫情信息，承办出入境植物及其产品的卫生和检疫注册的考核与监督检查。

六、食品检验监督处

负责进出口食品等商品的卫生、质量检验和监督管理，承办进出口食品卫生注册的考核和监督检查。

七、化矿与鉴定业务处

负责进出口石化、矿产、金属材料、陶瓷、进口废物原料等商品的法定检验和监督管理，承办分管商品的进出口安全质量许可的考核和监督检查。负责管理和组织实施进出口法定鉴定业务，负责运载工具、集装箱等的适载检验管理，并协调出入境集装箱及运载工具的检验检疫职业。

八、轻纺检验处

负责进出口轻工、纺织等商品的法定检验和监督管理，承办分管商品的进出口安全质量许可的考核和监督检查。

九、机电检验处

负责进出口机电仪、成套设备、车辆等商品和包装的法定检验及监督管理，负责外商投资财产鉴定职业，承办分管商品的进出口安全质量许可、包装许可的考核和监督检查。

十、产地证签证处

负责普惠制原产地证和一般原产地证的签发与监督管理。

十一、科技处

负责有关检验检疫的科技、标准化职业，负责科技和技术引进，负责情报资料、实验室、仪器设备和计算机信息体系的管理职业。

十二、认证监管处

负责管理和组织实施进出口食品卫生、供港澳敏感商品注册登记和进口安全质量许可、出口质量许可、质量认证认可等监管职业，负责实验室认可及人员注册的有关职业。

十三、通关处

负责出入境检验检疫证书证单的签发职业，负责检验检疫报检、计收费、签证、放行及流程管理。

十四、人事处

负责办理本局和下属分支机构、事业单位的干部任免、调配、考核、公务员管理、职称评聘、机构编制、劳动工资和教育培训、安全保卫等职业。对外职业需要可使用“保卫处”的印章。

十五、财务处

负责本局和下属单位的财务会计、基建规划、国有资产管理，负责对下属单位的财务监督检查。

十六、稽查处

负责组织开展检验检疫行政执法监督检查、职业质量检查和专项稽查活动；负责向局纪检监察部门提供行政执法职业中发现的内部职业人员涉嫌违纪违规案件的线索，并做好有关协查职业；负责对行政执法相对人违反检验检疫法律、法规的行政调查。配合有关部门开展有关整顿市场秩序、打击走私等活动的组织协调职业。

十七、机关党委办公室（政工处）

十八、监察审计室

十九、离退休干部处

二十、基建处

负责深圳检验检疫局较大基建项目的监督管理等职业，负责深圳检验检疫局及各分支机构、事业单位的办公设施的规划、立项、审批及其维护，负责职工住宅等设施的维修等。